Cerita ini berlatar di Jepang seribu tahun dari sekarang. Lima anak—protagonis Saki, Satoru, Maria, Mamoru, dan Shun—telah lahir dan dibesarkan di sebuah kota yang tenang yang dapat digambarkan sebagai utopia, dipenuhi dengan air dan dedaunan hijau. Setelah sebuah insiden, Saki dan yang lainnya menyadari sifat asli dunia mereka. Kelima anak itu kemudian terjun ke dalam petualangan yang mengancam jiwa dan bertarung untuk melindungi teman-teman mereka serta dunia yang berada di ambang kehancuran.