Prime Target menampilkan seorang mahasiswa pascasarjana matematika muda yang brilian, Edward Brooks, yang berada di ambang terobosan besar. Jika ia berhasil menemukan pola dalam bilangan prima, ia akan memegang kunci setiap komputer di dunia. Segera ia mulai menyadari bahwa musuh tak terlihat berusaha menghancurkan idenya bahkan sebelum lahir, yang membuatnya berinteraksi dengan Taylah Sanders, seorang agen NSA wanita yang ditugaskan untuk mengawasi dan melaporkan perilaku sang matematikawan. Bersama-sama, mereka mulai mengungkap konspirasi mengerikan yang menjadi inti dari masalah Edward.