Muppet Babies mengisahkan tingkah lucu para Muppet cilik di ruang bermain, yaitu Kermit the Frog muda, Piggy, Fozzie Bear, Gonzo, Animal, dan Muppet Baby baru, Summer Penguin. Serial ini akan menampilkan penampilan tamu dari Muppet favorit penggemar, termasuk: Statler dan Waldorf, Bunsen dan Beaker, Rowlf the Dog, Rizzo, dan Dr. Teeth.