Dunia ini diam-diam dikendalikan oleh organisasi rahasia, Chronos. Di bawah komando organisasi misterius ini adalah Chronos Numbers, sekelompok pembunuh bayaran kuat, yang menerima perintah untuk melenyapkan target tertentu secara diam-diam demi menjaga apa yang disebut perdamaian. Salah satu yang terkuat adalah Number XIII, Train Heartnet, yang juga dikenal sebagai Black Cat. Awalnya ia tampak seperti pembunuh kejam, namun pertemuan dengan seorang gadis Sweeper mengubahnya sepenuhnya. Kini sebagai Sweeper, Train berkelana bersama rekannya Sven Vollfield untuk memburu para penjahat.