Minato Sahashi est extrêmement intelligent, mais incapable de gérer la pression, il a échoué deux fois à l'examen d'entrée à l'université. Par conséquent, beaucoup le considèrent comme un idiot et un raté. Un jour, après avoir parlé à sa mère, encore une fois déçue, il rencontre une fille nommée Musubi qui était attaquée. La jeune fille s'enfuit mais l'emmène avec elle et Minato découvre bientôt que, sans qu'il le sache, il est un Ashikabi, l'un des mystérieux maîtres possédant le trait génétique qui leur permet de devenir les partenaires de certaines des 108 jolies filles, femmes plantureuses et bishōnen appelées "Sekirei". La raison de ce partenariat permet aux Sekirei d'utiliser toute leur puissance pour gagner la compétition organisée par la mystérieuse corporation MBI.