Kazamatsuri, une ville moderne et prospère, réputée pour sa verdure florissante et sa riche culture japonaise, abrite Kotarou Tennouji, un lycéen peu enclin aux valeurs partagées de cet endroit. Se contentant de remplir ses poches de futilités, le garçon fier et curieux passe son temps à importuner Haruhiko, le délinquant autoproclamé, et à s'adonner à ses sentiments amoureux pour l'excentrique Kotori. Doté de la capacité surhumaine de réécrire de manière permanente n'importe quelle partie de son corps pour multiplier sa force ou sa vitesse, Kotarou est naturellement attiré par le surnaturel. Une rencontre particulière avec le seul membre et président du Club de Recherche Occulte, la "Sorcière" Akane Senri, conduit Kotarou à faire revivre le Club Occulte en recrutant Kotori et trois autres membres : l'étudiante transférée maladroite Chihaya, la stricte déléguée de classe Lucia, et l'insaisissable Shizuru. Alors que Kotarou dévoile les secrets cachés de chaque membre du Club Occulte à travers leurs aventures communes, il rencontrera inévitablement un destin que seul lui pourra réécrire.