Shio Ogura, une lycéenne japonaise apparemment normale, est soudainement attaquée par des monstres alors qu'elle est en voyage scolaire à Taiwan. Des agents connus sous le nom de "Porteurs d'E-Gene" de l'agence gouvernementale DOGOO arrivent également, maniant des armes imprégnées des esprits de figures historiques. Cependant, au milieu de tout cela, Shio se révèle être également une Portrice d'E-Gene lorsque l'âme d'Oda Nobunaga s'éveille alors qu'elle tente de secourir une amie.