Shinichi Kudo est un lycéen de dix-sept ans, surnommé le « Sherlock Holmes des temps modernes ». Cependant, une nuit, après un rendez-vous avec son amour d'enfance, Ran, Shinichi est témoin d'un trafic illégal. Pris par surprise, il est assommé et drogué avec une substance censée le tuer... mais il se réveille et se retrouve rajeuni à sept ans. Afin de retrouver les hommes responsables de ce sort, Shinichi cache son identité et vit avec Ran, dont le père est un détective maladroit. S'ensuit une série de meurtres et de mystères qu'il doit résoudre.