L'intrigue tourne autour de Natsuru Senō, un garçon normal de lycée aux cheveux bleus. Un jour, il se réveille et découvre qu'il s'est transformé en fille. Un tigre en peluche nommé "Harakiri Tora" prend vie et lui annonce qu'il a été choisi comme l'un des "Kämpfer", une combattante. Les Kämpfer sont destinés à se battre contre d'autres Kämpfer. L'histoire commence lorsqu'il est attaqué par une fille inconnue qui se trouve également être une Kämpfer.