L'histoire de Kanokon tourne autour de Kouta Oyamada, un jeune lycéen en première année qui quitte la campagne pour la ville et intègre ainsi le lycée Kunpo. Dès son premier jour dans son nouvel établissement, une magnifique élève de deuxième année nommée Chizuru Minamoto lui demande de la retrouver seule dans la salle de musique. Lorsqu'il arrive, elle lui révèle qu'elle est en réalité une divinité renarde, et à partir de ce jour, les deux passent du temps ensemble. Nozomu est une élève de première année dans le même lycée que Kouta. Elle est en réalité une divinité louve, amoureuse de Kouta, et une rivale de Chizuru pour ses affections.