Tout ce dont Rakka se souvient avant de sortir de sa chrysalide est la sensation de chute. Désorientée, elle est accueillie dans ce nouveau monde comme l'une des Haibane, un groupe de jeunes gens dotés de petites ailes grises et de halos lumineux. Ensemble, ils vivent dans la Vieille Maison, à la périphérie de Grie, une ville tranquille où résident des gens sans ailes ni halos. De nombreuses règles régissent le monde des Haibane Renmei : la plus importante étant que les Haibane ne peuvent ni s'approcher ni toucher les immenses murs qui entourent la ville. Seuls les êtres connus sous le nom de Toga peuvent entrer et sortir à leur guise. Bien que sa vie quotidienne soit paisible, Rakka et les autres Haibane ignorent beaucoup de choses, ou ne sont pas autorisés à les connaître. Rakka surmontera ses propres doutes et interrogations en découvrant sa place dans ce monde, tout en œuvrant vers le but de chaque Haibane : franchir les murs le jour de leur Vol. Mais ce n'est pas une tâche aisée : l'échec signifie être marqué comme étant lié au Péché.