Fallen suit l'histoire de Luce, une jeune femme envoyée dans un centre de désintoxication aux allures de secte, Sword & Cross, pour purger une peine pour un crime dont elle ne se souvient pas. Parmi les autres pensionnaires, elle rencontre l'énigmatique Daniel et le frustrant mais irrésistible Cam, tous sous l'œil attentif du sinistre médecin-chef Howson, et des sœurs jumelles dévotes Miriam et Sophia. Luce doit démêler le mystère de qui elle est et pourquoi elle a un lien avec Daniel qui remonte bien avant leur séjour dans l'institution.