Se déroulant à Miami en 1991, Dexter: Original Sin suit Dexter alors qu'il passe du statut d'étudiant à celui de tueur en série vengeur. Lorsque ses pulsions sanguinaires ne peuvent plus être ignorées, Dexter doit apprendre à canaliser sa noirceur intérieure. Guidé par son père, Harry, il adopte un Code conçu pour l'aider à trouver et à éliminer les personnes qui méritent d'être éliminées de la société sans attirer l'attention des forces de l'ordre. C'est un défi particulier pour le jeune Dexter qui commence un stage en criminalistique au département de police de Miami Metro.