L'histoire de Chaos;Head se déroule en 2009 à Shibuya et est centrée sur Takumi Nishijō, un lycéen de l'académie privée Suimei, et les meurtres étranges et brutaux qui ont récemment eu lieu dans le quartier de Shibuya, connus sous le nom de "New Generation" Madness. L'histoire commence le 28 septembre avec Takumi discutant avec un ami en ligne nommé Grim. Grim essaie de mettre Takumi au courant des récents événements de la New Generation, car Takumi ne s'intéresse ni aux nouvelles locales ni internationales. Une personne nommée Shogun rejoint le salon de discussion à mi-chemin de la conversation entre Grim et Takumi. Après le départ de Grim du salon de discussion, Shōgun commence à parler. Il s'exprime de manière très cryptique et confuse, rendant Takumi nerveux. Il envoie ensuite à Takumi un flot de liens d'images, dont l'une semble être celle d'un meurtre brutal d'un homme empalé sur des pieux contre un mur.