Le monde est secrètement contrôlé par une organisation clandestine, Chronos. Sous le commandement de cette mystérieuse organisation se trouvent les Chronos Numbers, un groupe de puissants assassins qui reçoivent des ordres pour éliminer secrètement certaines cibles afin de maintenir une paix dite "soignée". L'un des plus puissants est le Numéro XIII, Train Heartnet, également connu sous le nom de Black Cat. Au début, il semble être un tueur cruel, mais une rencontre avec une jeune Sweeper l'a complètement changé. Désormais Sweeper, Train voyage avec son partenaire Sven Vollfield pour traquer les criminels.