Area 88 se déroule à la fin des années 1970/début des années 1980 et se déroule en grande partie dans un pays du Moyen-Orient en proie à la guerre, le Royaume d'Asran. La guerre fait appel à des pilotes de chasse mercenaires, dont le quartier général se trouve sur une base aérienne secrète dans le désert appelée Zone 88. Shin Kazama, un pilote de ligne prometteur, est piégé et contraint de signer par son "ami" Satoru Kanzaki. Face à l'exécution pour désertion de la Zone 88, Shin devient à contrecœur un pilote de chasse et tente de remplir son contrat de trois ans. La Zone 88 attire toutes sortes de personnes aux passés variés et souvent sordides. Parmi les autres mercenaires figure Mick Simon, un Américain qui n'a pas réussi à s'adapter à la vie normale après son service pendant la guerre du Vietnam. Mick devient le meilleur ami de Shin à la Zone 88. Une autre figure familière de la Zone 88 est McCoy, un marchand d'armes cupide qui vend tout ce dont les mercenaires ont besoin, du papier toilette au plan...