Yukito Kunisaki est un voyageur, toujours à la recherche de la « fille dans le ciel » d'une légende transmise dans sa famille. Son périple le mène dans une petite ville côtière, où il rencontre Misuzu, une jeune fille qui semble désireuse de devenir son amie. Une histoire s'étendant sur mille ans commence à se dévoiler sur fond de leur relation singulière.