Un joven llamado Yugi Muto resuelve un antiguo rompecabezas egipcio y libera un oscuro y poderoso alter ego. Cada vez que él y sus amigos se ven amenazados por el mal, este alter ego rompe las cadenas del Rompecabezas del Milenio y desafía a los malhechores a los Juegos de las Sombras: situaciones de vida o muerte que ponen a prueba la verdadera naturaleza de los seres humanos. Aquellos que pierden o hacen trampa sufren graves penalizaciones que resultan en la pérdida de su cordura o incluso de sus vidas. Junto a sus amigos Joey, Tristan, Téa y Miho; Yugi y su oscuro contraparte se enfrentan a enemigos como Seto Kaiba: el despiadado campeón del juego de cartas de monstruos de duelo; y Ryo Bakura, quien posee el Anillo del Milenio que contiene un espíritu más brutal que Yami Yugi. ¿Tendrán éxito Yugi y sus amigos o perderán sus almas?