El año es T.C. 4767. Han pasado cuatro mil años desde que la humanidad abandonó su planeta natal, la Tierra. Asediada por los hostiles alienígenas Gnosis, la humanidad ahora se apresura a encontrar formas de derrotar esta amenaza a su existencia. El desarrollo de KOS-MOS (un androide especializado con capacidades asombrosas) por la ingeniera de Vector, Shion Uzuki, fue una de las respuestas a la amenaza.