Threat Matrix es un drama de una hora sobre un equipo de élite altamente especializado, creado para responder al informe de la Matriz de Amenazas, un documento que se presenta al Presidente cada mañana, identificando las mayores amenazas actuales para la seguridad de los Estados Unidos. La misión del equipo es mantener al país a salvo de amenazas internacionales y domésticas, utilizando su experiencia combinada y tecnología de vanguardia para ayudarles a combatir las muchas caras del terror y a los enemigos decididos a destruir nuestro modo de vida. Llevando a la audiencia detrás de los titulares y al mundo de la seguridad nacional, Threat Matrix dramatiza lo que estamos haciendo en el mundo de la seguridad nacional, por qué lo estamos haciendo y si está funcionando o no. El líder de esta unidad es el Agente Especial John Kilmer. Este ex agente del FBI tiene autorización de la Casa Blanca para recurrir a las habilidades técnicas, la potencia de fuego y los agentes especialistas del FBI, la CIA y la NSA, entre otros. Kilmer reporta al Coronel Roger Atkins, el enlace de operaciones con el Presidente. La ex esposa de Kilmer, la Agente Especial Frankie Ellroy-Kilmer, es una experta en interrogatorios y "profiler" altamente entrenada, cuyas habilidades le permiten doblegar a los enemigos más duros. El resto del equipo de Kilmer incluye a Mo, el ex operativo egipcio-estadounidense de la CIA; Lia "Lark" Larkin, una ex especialista forense del FBI; Tim Serrano, un agente de la DEA de Miami; y Jelani, un genio informático afroamericano que intercepta señales de teléfono, fax y radio de todo el mundo y apoya al equipo con la última tecnología de la NSA.