"Misión T" es una guerra en las sombras de espías e inteligencia secreta librada para evitar la destrucción del mundo. La historia sigue a Botan Negoro, quien se entrenó como ninja desde la infancia y se ha convertido en una espía talentosa. Se une a Kuruma, un espía con gran talento para la teatralidad, en una nueva misión con el destino del mundo en juego: recuperar el "Cristal de Tesla", el "legado" del genio inventor serbio-estadounidense Nikola Tesla. Pero otros países y sus agentes ya se están moviendo para asegurar el Cristal de Tesla, y Botan y Kuruma tendrán que usar todo su ingenio para superarlos.