Tras naufragar su barco mercante holandés Erasmus y su tripulación superviviente por una violenta tormenta en Injiro, en la costa este de Japón, el piloto mayor John Blackthorne, el navegante inglés del barco, es hecho prisionero por guerreros samuráis. Cuando más tarde es liberado temporalmente, debe compaginar su propia identidad como inglés, asociado con otros europeos en Japón, a saber, comerciantes portugueses y sacerdotes jesuitas, con la ajena cultura japonesa en la que ha sido arrojado y a la que ahora debe adaptarse para sobrevivir. Siendo inglés, Blackthorne está en desacuerdo, tanto religiosa como políticamente, con su enemigo, los portugueses, y con la orden jesuita de la Iglesia Católica. El punto de apoyo católico en Japón pone a Blackthorne, protestante y, por lo tanto, hereje, en una desventaja política. Pero esta misma situación también atrae la atención del influyente Lord Toranaga, quien desconfía de esta religión extranjera que ahora se difunde en Japón. Él compite con otros señores de la guerra samuráis de rango noble similar, entre ellos conversos católicos, por el muy poderoso puesto de Shōgun, el gobernador militar de Japón.