Ambientada en el año 2199, Pandora trata sobre una joven ingeniosa que lo ha perdido todo, pero que encuentra una nueva vida en la Academia de Entrenamiento Espacial de la Tierra, donde ella y sus amigos aprenden a defender la galaxia de amenazas, tanto alienígenas como humanas. Cuando empiezan a salir a la luz secretos sobre la naturaleza de su propia identidad, debe descubrir la verdad y si será la salvadora de la humanidad o el instrumento de su destrucción.