"Realiza una peregrinación hacia el pasado conmigo." Son estas palabras, junto con una melodía inquietante de su pasado, las que llevan a la asesina profesional Mireille Bouquet a asociarse con la escolar japonesa Kirika Yumura, una amnésica cuyas habilidades instintivas para matar igualan las de Mireille. Perseguidas por enemigos implacables y vigilantes, Kirika y Mireille forman una alianza con el nombre en clave Noir, y comienzan una búsqueda para descubrir las verdades de sus pasados, verdades que podrían llevarlas a la muerte.