Shinichi Kudo es un detective de secundaria de diecisiete años a quien la gente llama el "Sherlock Holmes moderno". Sin embargo, una noche, después de una cita con su amor de la infancia, Ran, Shinichi fue testigo de un intercambio ilegal y, tomado por sorpresa, fue noqueado y drogado con un veneno que se suponía que lo mataría... pero despertó y se encontró reducido a la edad de siete años. Para rastrear a los hombres que le hicieron esto, Shinichi ocultó su identidad y vivió con Ran, cuyo padre era un detective sin remedio, y con eso llegó una serie de asesinatos y misterios que él debe resolver.