En el país de Gazth-Sonika, la guerra civil arde. Allí, una mercenaria llamada Madlax ejerce su oficio con una habilidad casi sobrenatural. En el aparentemente pacífico país de Nafrece, Margaret Burton lleva una vida tranquila. Por separado que parezcan sus vidas, ambas están conectadas por lazos de misterio y por un libro sagrado que también es buscado por la organización sombría, Anfan. A medida que Margaret y Madlax siguen el camino de su destino, se acercan cada vez más a descubrir la verdad, sin garantía de que sea una verdad que puedan soportar aprender.