En el año 2067, ocho años después de los eventos de Macross Frontier, una nueva y mortal enfermedad, el "Síndrome Var", amenaza la galaxia. La Unidad de Música Táctica, "Walkure", bajo la protección del equipo Valkyrie "Delta Team", se une para combatir esta nueva amenaza. Durante un brote del Síndrome Var, la unidad Walkure es atacada repentinamente por el misterioso equipo Valkyrie "Aerial Knight" del Reino del Viento, cuya motivación sigue siendo un enigma...