Yoshimori Sumimura, un chico de secundaria de 14 años, es un Kekkaishi, un exterminador de monstruos. Compite con Tokine Yumikura por ser el heredero del clan Sumimura. Tokine es mayor que él, y es su amiga de la infancia, así como su rival Kekkaishi. Para salvar a la gente del peligro y hacerse más fuerte, Yoshimori lucha contra monstruos.