La historia de Kanokon gira en torno a Kouta Oyamada, un joven estudiante de primer año de secundaria que se muda del campo a la ciudad y, por lo tanto, se transfiere a la Preparatoria Kunpo. En su primer día en su nueva escuela, una hermosa estudiante de segundo año llamada Chizuru Minamoto le pide que se reúnan a solas en la sala de música. Cuando él llega, ella le revela que en realidad es una deidad zorro y, a partir de ese día, los dos pasan tiempo juntos. Nozomu es una estudiante de primer año en la escuela de Kouta; en realidad, es una deidad lobo enamorada de Kouta y rival de Chizuru por el afecto de Kouta.