Inukami! gira en torno a Keita Kawahira, un descendiente de un clan de domadores de Inukami y considerado un fracaso por el clan debido a su actitud hacia su deber. Inukami, que significa literalmente "dios perro", son criaturas benévolas que poseen poderes espirituales. Son un tipo de demonio con apariencia de perro que puede transformarse en forma humana. Junto a un compañero del histórico clan de domadores de Inukami, actúan para obliterar el mal y proliferar la rectitud. Keita, al principio, no puede encontrar un Inukami con el que conectar, pero eventualmente una hermosa Inukami llamada Yoko decide convertirse en su Inukami, lo que provoca que Keita se llene de alegría. Sin embargo, su felicidad es efímera cuando descubre que ella es un Inukami muy problemático e incontrolable. A partir de entonces, la vida de Keita se llena de vergüenzas interminables.