Ambientada en un Japón alternativo de 1969, un grupo especial de adolescentes ha sido reunido bajo una operación secreta del gobierno conocida como Aegis, para luchar contra un enemigo que intenta apoderarse de la Tierra... llamado simplemente "Invasor". El Invasor puede convertir a ciudadanos comunes en zombis bajo su control, y solo los agentes de Aegis, llamados Guardianes de la Puerta, tienen la habilidad especial de abrir la "Puerta" que separa la dimensión del Invasor y la nuestra, y poder erradicarlos. La serie comienza con el estudiante de secundaria común Ukiya Shun presenciando un ataque de un Invasor, y dándose cuenta rápidamente de que él es uno de aquellos con poderes especiales, es adoctrinado en Aegis. Cada agente tiene una habilidad y método de ataque diferente, ¡todo desde flechas mágicas hasta música de piano alucinógena! También es crucial para la historia la joven Ruriko, una miembro experimentada de Aegis que tiene que esforzarse para demostrar su valía después de que el obviamente poderoso Shun se une al equipo.