La ambientación es un mundo paralelo a Fate/stay night donde el Santo Grial Mayor desapareció misteriosamente de Fuyuki tras la Tercera Guerra del Santo Grial. Tras muchos años de silencio, casi al mismo tiempo en que habría tenido lugar la Quinta Guerra del Santo Grial, los Yggdmillennia, una familia de magos, declaran abiertamente su secesión de la Asociación de Magos y que poseen el Grial. La Asociación envía a cincuenta magos para recuperarlo, y todos menos uno son masacrados al instante por un misterioso Sirviente. El único superviviente logra activar el sistema de reserva del Grial Mayor, permitiendo la invocación de catorce Sirvientes en total. En la ciudad de Trifas, dos facciones lucharán por el control de la reliquia sagrada, cada una con su propio equipo de siete Sirvientes: la Facción Negra, cuyos miembros forman parte de los Yggdmillennia y protegen el Grial, y la Facción Roja, cuyos miembros fueron enviados por la Asociación de Magos e intentan recuperarlo. Para un evento de esta magnitud, el propio Grial invoca a su Sirviente, la santa Ruler, para supervisar el conflicto. Esto marca el inicio de la Gran Guerra del Santo Grial.