Hace treinta años, un extraño fenómeno llamado "terremoto espacial" devastó el centro de Eurasia, cobrándose la vida de al menos 150 millones de personas. Desde entonces, terremotos espaciales más pequeños azotan el mundo de forma irregular. Shido Itsuka, un estudiante de secundaria aparentemente ordinario, se encuentra con una misteriosa chica en la zona cero de un terremoto espacial y se entera por su hermana Kotori que ella es uno de los "Espíritus", que son la verdadera causa de los terremotos espaciales que ocurren cuando se manifiestan en el mundo. También se entera de que Kotori es la comandante de la aeronave Fraxinus, tripulada por la organización Ratatoskr, y es reclutado para utilizar su misteriosa habilidad de sellar los poderes de los Espíritus, deteniendo así su amenaza para la humanidad. Sin embargo, hay una trampa: para sellar el poder de un Espíritu, debe hacer que se enamore de él y besarla.