Okazaki Tomoya es un estudiante de tercer año en una escuela secundaria en algún lugar de Japón, y no se toma en serio sus estudios. Siempre llega tarde a clase, y sus compañeros de clase, que están ocupados preparándose para los exámenes de ingreso a la universidad, lo ven como un delincuente. No hace falta decir que no tiene demasiados amigos cercanos. Sin embargo, a Tomoya no parece importarle — hasta que un día conoce a una chica, Furukawa Nagisa, que se queda sola sin amigos en la escuela porque todos los que conocía ya se graduaron. "Qué chica tan torpe", piensa al principio. Pero hablar con ella se siente natural y, mientras la ayuda, conoce a algunas otras chicas de su escuela. Aunque al principio no le importan mucho, pronto abre su corazón a medida que se conocen mejor.