Las habilidades especiales ocurren entre un pequeño porcentaje de chicos y chicas en la pubertad. Yū Otosaka utiliza su poder sin que los demás lo sepan y lleva una vida escolar bastante normal y promedio. De repente, ante él aparece una chica, Nao Tomori. Debido a su encuentro con ella, el destino de los usuarios de poderes especiales será revelado.