Los Barcos Negros llegan a Kioto mientras el shogunato tropieza hacia la ruina. Viviendo en medio del caos está Nio, un chico de buen corazón a punto de descubrir su destino. Conoce a dos "Miburo", Hijikata Toshizo y Okita Soji, miembros de la banda de ronin de Mibu que más tarde se convertirán en los famosos Shinsengumi. Con sueños de un mundo mejor, Nio se une a su lucha para defender la ciudad.