El mundo está secretamente controlado por una organización secreta, Chronos. Bajo el mando de esta misteriosa organización se encuentran los Chronos Numbers, un grupo de poderosos asesinos que reciben órdenes para eliminar ciertos objetivos en secreto y mantener la llamada paz. Uno de los más poderosos es el Número XIII, Train Heartnet, también conocido como Black Cat. Al principio, parece un asesino cruel, sin embargo, un encuentro con una chica Sweeper lo cambió por completo. Ahora, como Sweeper, Train viaja con su compañero Sven Vollfield para cazar criminales.