Threat Matrix ist ein einstündiges Drama über eine hochspezialisierte, elite Task Force, die gegründet wurde, um auf den Threat Matrix Bericht zu reagieren, ein Dokument, das jeden Morgen dem Präsidenten präsentiert wird und die aktuellen größten Bedrohungen für die Sicherheit der USA identifiziert. Die Mission des Teams ist es, das Land vor internationalen und nationalen Bedrohungen zu schützen, indem sie ihr gebündeltes Fachwissen und modernste Technologie nutzen, um den vielen Gesichtern des Terrors und den Feinden, die entschlossen sind, unseren Lebensstil zu zerstören, entgegenzutreten. Die Zuschauer werden hinter die Schlagzeilen und in die Welt der nationalen Sicherheit geführt; Threat Matrix dramatisiert, was wir im Bereich der nationalen Sicherheit tun, warum wir es tun und ob es funktioniert oder nicht. Der Leiter dieser Einheit ist Special Agent John Kilmer. Dieser ehemalige FBI-Agent hat die Genehmigung des Weißen Hauses, die technischen Fähigkeiten, Feuerkraft und die Spezialagenten des FBI, CIA und NSA, unter anderen, in Anspruch zu nehmen. Kilmer berichtet an Colonel Roger Atkins, den Operationsverbindungsmann zum Präsidenten. Kilmers Ex-Frau, Special Agent Frankie Ellroy-Kilmer, ist eine hochqualifizierte Verhörspezialistin und 'Profiler', deren Fähigkeiten es ihr ermöglichen, die hartnäckigsten Feinde zu knacken. Das restliche Team von Kilmer umfasst Mo, den ägyptisch-amerikanischen ehemaligen CIA-Agenten; Lia "Lark" Larkin, eine ehemalige forensische Spezialistin des FBI; Tim Serrano, einen DEA-Agenten aus Miami; und Jelani, ein afroamerikanisches Computer-Genie, das Telefon-, Fax- und Funksignale aus der ganzen Welt abfängt und das Team mit der neuesten NSA-Technologie unterstützt.