Star Trek: Lower Decks konzentriert sich auf die Unterstützungsmannschaft, die im Jahr 2380 auf einem der unwichtigsten Schiffe der Sternenflotte, der U.S.S. Cerritos, dient. Die Fähnriche Mariner, Boimler, Rutherford und Tendi müssen ihren Pflichten und ihrem sozialen Leben nachkommen, oft während das Schiff von einer Vielzahl von Sci-Fi-Anomalien erschüttert wird.