Muppet Babies erzählt von den urkomischen Spielzimmer-Abenteuern des jungen Kermit der Frosch, Piggy, Fozzie Bär, Gonzo, Animal und der brandneuen Muppet-Baby-Figur Summer Penguin. Die Serie wird Gastauftritte von Fan-Lieblings-Muppets beinhalten, darunter: Statler und Waldorf, Bunsen und Beaker, Rowlf der Hund, Rizzo und Dr. Teeth.