Die Welt wird heimlich von einer geheimen Organisation namens Chronos kontrolliert. Unter dem Kommando dieser mysteriösen Organisation stehen die Chronos-Nummern, eine Gruppe mächtiger Attentäter, die geheime Aufträge zur Eliminierung bestimmter Ziele ausführen, um den sogenannten Frieden zu wahren. Einer der Mächtigsten ist die Nummer XIII, Train Heartnet, auch bekannt als Black Cat. Anfangs scheint er ein grausamer Killer zu sein, doch ein Treffen mit einem Sweeper-Mädchen hat ihn komplett verändert. Nun reist Train als Sweeper mit seinem Partner Sven Vollfield, um Kriminelle zu jagen.