يعتمد مسلسل "مشروع الكتاب الأزرق" على التحقيقات الحقيقية والسرية للغاية حول الأجسام الطائرة المجهولة (UFOs) والظواهر المرتبطة بها، والتي أجرتها القوات الجوية الأمريكية من عام 1952 إلى عام 1969. يتم تجنيد الدكتور ج. ألين هاينك، وهو أستاذ جامعي لامع ولكنه غير مقدّر، من قبل القوات الجوية الأمريكية لقيادة عملية سرية تسمى "مشروع الكتاب الأزرق". بالتعاون مع شريكه، الكابتن مايكل كوين الأنيق من القوات الجوية، يتم استدعاؤهما للتحقيق في مشاهدات الأجسام الطائرة المجهولة في جميع أنحاء البلاد واستخدام العلم لكشف ما حدث حقًا. ومع ذلك، عندما لا يمكن تفسير بعض اللقاءات وتبقى القضايا مفتوحة، يبدأ هاينك في الشك في أنه تم خداعه من قبل الحكومة في مؤامرة أكبر للتستر على الحقيقة.