تدور أحداث مسلسل "CIA" حول شريكين غير متوقعين - عميل ميداني في وكالة المخابرات المركزية، سريع الكلام، متمرد، وخارج عن السيطرة، وعميل مخضرم وذكي من مكتب التحقيقات الفيدرالي، يلتزم بالقواعد ويؤمن بسيادة القانون. عندما يُكلف هذا الزوج الغريب بالعمل معًا في محطة وكالة المخابرات المركزية في نيويورك، يجب عليهما تعلم التعاون للتحقيق في القضايا والمجرمين الذين يشكلون تهديدًا على الأراضي الأمريكية، ليكتشفا أن اختلافاتهما قد تكون في الواقع قوتهما.