تدور أحداث قصة Chaos;Head في عام 2009 في شيبويا، وتركز على تاكومي نيشيجو، طالب في المدرسة الثانوية في أكاديمية سويماي الخاصة، والجرائم الغريبة والوحشية التي وقعت مؤخرًا في منطقة شيبويا، والمعروفة باسم جنون "الجيل الجديد". تبدأ القصة في 28 سبتمبر مع تاكومي يتحدث إلى صديق عبر الإنترنت يدعى غريم. يحاول غريم إطلاع تاكومي على آخر مستجدات أحداث الجيل الجديد، حيث أن تاكومي غير مهتم بالأخبار المحلية أو الدولية. ينضم شخص يدعى شوغون إلى غرفة الدردشة في منتصف محادثة غريم وتاكومي. بعد مغادرة غريم لغرفة الدردشة، يبدأ شوغون في الكلام. يتحدث بطريقة غامضة ومربكة للغاية، مما يجعل تاكومي متوترًا. ثم يرسل إلى تاكومي وابلًا من روابط الصور، يبدو أن أحدها يصور جريمة قتل وحشية لرجل تم تثبيته على الحائط بأوتاد.